哈尔滨市阿城区国家税务局为正处级全职能局。根据工作职责，阿城区国家税务局相应设置内设机构、直属机构、派出机构和事业单位。
　　（一）内设机构
　　阿城区国家税务局内设机构为12个，级别为正科级。
　　1.办公室
　　制定局机关和本单位的年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、督查督办、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传和外事工作；制定办公规章制度；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议、政协委员提案；协助领导对有关工作进行综合协调；承办领导交办的其他工作。
　　2.政策法规科
　　负责对税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况进行日常管理性监督检查；承办重大税收案件的审理和行政处罚、听证工作；负责税务行政诉讼和行政复议等事项；负责组织推行税收执法责任制、执法检查；负责税收执法过错追究；承办领导交办的其他工作。
　　3.税政科
　　负责流转税、所得税等税种的税政业务；管理增值税专用发票；负责金税工程流转税业务的管理、推广应用及认证报税、数据采集、稽核管理工作；负责增值税等税种的纳税评估、日常稽核和日常管理性检查工作；负责税收协定执行、反避税实施、外国居民税收监管、情报交换、国际税务管理合作等；负责对出口企业退免税申报的审核和确认，组织落实本地出口货源征税情况并负责对外复函，负责本地出口货物专用缴款书及分割单开具的检查及指导工作；承办领导交办的其他工作。
　　4.纳税服务科
　　组织、协调和指导本单位各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；组织实施税收信用体系建设工作；指导税收争议的调解；组织实施面向纳税人的税法宣传；承担网站纳税服务栏目、短信系统的运行管理等工作；指导税务分局、税务所的纳税服务工作；负责纳税服务的其他相关工作事项；承办领导交办的其他工作。
　　5.征收管理科
　　负责实施综合性税收征管法律、法规和规章制度，处理执行税收征管法规、条例中的有关事项；负责税收征管档案管理；负责实施组织落实个体工商户和专业、集贸市场的税收征管；负责组织落实税收管理员制度；实施综合性纳税评估办法，承办对征管质量的综合考核、风险管理和税收收入征管状况分析工作；负责组织征管软件、税控器具的推广和应用；牵头负责纳税评估的组织实施和指导、协调、管理工作；负责纳税信用等级的评定；承办领导交办的其他工作。
　　6.财务管理科
　　组织实施会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本；组织实施国库集中支付工作，办理具体支付事项；承担本单位基本建设、资产管理、政府采购工作；组织实施财务管理、基本建设项目、大宗物品采购。
　　7.收入核算科
　　负责税收计划管理、税收会计、统计等信息数据的统计和分析工作；负责编制和分配税收计划、指导组织收入工作，进行税收分析预测，负责税款征收信息的集中处理和会计核算工作，监督检查税款缴退库情况；负责税源资料的调查和测算，监控重点税源，企业税收资料调查；负责税收票证的管理；承办领导交办的其他工作。
　　8.人事教育科
　　研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、考核、调配、交流、公务员管理、工资福利、专业技术职务等人事管理工作;负责离退休干部及提前离岗人员的管理和服务；负责本单位思想政治工作和基层建设；负责教育培训管理工作；承办领导交办的其他工作。
　　9.监察室
　　负责落实党的纪律检查、行政监察工作制度；负责本单位的党风廉政建设和反腐败工作；受理对本单位工作人员违法违纪行为的检举、控告及申诉；查处本单位工作人员违法违纪案件及其他重要案件；负责执法监察和纠风工作；承办领导交办的其他工作。
　　10.办税服务厅
　　负责纳税人、扣缴义务人向税务机关申请办理的各类涉税事项。具体包括：税务登记、申报、认证及税款征收；发票的发售、代开、审验及缴销；税务违法的简易处罚、纳税咨询辅导，税收政策宣传；审批备案涉税事项；办理其他相关事项；承办领导交办的其他工作。
　　11.税源管理一科
　　12.税源管理二科
　　负责对所辖税源的监控管理工作，对辖区内纳税人实行分类管理和有效服务。负责所辖纳税户税务登记及纳税申报的调查核实、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、组织实施纳税评估、处理一般性违规违章行为等；承办领导交办的其他工作。根据工作需要，阿城区国家税务局设2个税源管理科。
　　（二）直属机构
　　阿城区国税局设稽查局，级别为副处级。
　　负责所在区的税收违法案件的查处、审理和执行工作；负责对年度稽查计划实施和执行工作；负责市、地局稽查局转办的涉税举报案件的查处工作；负责与公安及司法机关涉税案件的协调、配合工作；负责本地区金税工程发票协查工作。
　　（三）派出机构
　　阿城区国家税务局设7个税务所，级别为正科级。
　　阿城区国税局7个税务所分别是和平税务所、胜利税务所、玉泉税务所、小岭税务所、平山税务所、新华税务所、亚沟税务所。税务所主要承担税源管理工作。对辖区内纳税人实行分类管理和有效服务。具体负责所辖纳税户税务登记及纳税申报的调查核实、进行税收预测和分析、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、组织实施纳税评估、处理一般性违规违章行为和零星税款的征收等，承办上级局交办的其他工作。
　　（四）事业单位
　　阿城区国家税务局事业单位2个，级别为正科级。
　　1.信息中心
　　负责组织税收管理、综合行政管理等信息系统建设；执行信息系统管理制度和技术标准；建立、管理和维护计算机网络与涉税信息等综合数据库；参与组织应用软件开发和税控器具的推广、应用及技术培训；根据工作需要，对征管数据进行质量审核、加工处理、综合分析等；负责网络及系统安全管理工作；承办领导交办的其它工作。
　　2.机关服务中心
　　拟定后勤服务和行政事务的规章制度及管理办法并组织实施；负责后勤服务的组织管理工作；负责机关的安全保卫、房产管理、机关车辆管理、接待、食堂管理等工作。